Для учета авиаперелёта нужны два документа:
Поскольку счёт-фактура при заказе авиабилетов не предоставляется, то в маршрутной квитанции должна быть выделена строка с НДС. Согласно письму Минфина РФ от 16.05.2005 г. № 03-04-11/112, такой документ считается основанием для принятия к вычету сумм налога на добавленную стоимость.
Агенты, продающие билеты от имени авиакомпаний, фактически поставляют чужие услуги. Поэтому обязательства по выделению НДС у них отсутствуют, так как лежат на авиакомпаниях.
Почему не предоставляется счёт-фактура и акт выполненных работ можно посмотреть тут.